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Je nachdem, wie man das mikroskopische bild sehen kann, unterscheidet man weitere mikroskop-arten: monokularmikroskop: mit einem okular, so dass man das bild mit einem auge sieht. Binokularmikroskop: es hat zwei okulare, so dass man mit beiden augen hindurchschauen kann. Allerdings entsteht das mikroskopische bild durch nur ein objektiv.
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Als mikroskopie bezeichnet man die betrachtung von winzigen objekten unter starker vergrößerung. In der medizin dient die mikroskopie in erster linie der beurteilung von gewebe(-proben) (histologie, pathologie), zellen (), blutbestandteilen (hämatologie) und mikroorganismen (mikrobiologie).
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Wurzelbehandlung mit dem mikroskop: zähne retten die strukturen innerhalb des zahnes sind sehr klein und deshalb mit bloßem auge kaum zu erkennen.
Lichtmikroskope, elektronenmikroskope und rastersondenmikroskope werden in zahlreichen varianten gebaut und verwendet, die in den jeweiligen übersichtsartikeln vorgestellt werden. Neben diesen gibt es aber auch mikroskope, die auf anderen physikalischen prinzipien beruhen: elektrochemische scan-mikroskopie; focused-ion-beam-mikroskop (fib).
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